Course
Bioinformatyka (1 rok Bioinformatyki)Teaching method
- Lectures (30 h)
- Labs (45 h)
Teacher
- prof. dr hab. Wojciech Karlowski
- wmk@amu.edu.pl
- dr Andrzej Zielezinski
- andrzejz@amu.edu.pl
Lectures wtorek, godz: 9:45-11:15, Aula
| # | Date | Lecture | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 28.02.2023 | Wykład 1 | Wprowadzenie; bazy danych NCBI i ENA |
| 02 | 07.03.2023 | Wykład 2 | UniProt, PubMed i E-utilities |
| 03 | 14.03.2023 | Wykład 3 | Formaty rekordów sekwencji |
| 04 | 21.03.2023 | Wykład 4 | Bioontologie |
| 05 | 28.03.2023 | Wykład 5 | Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) |
| 06 | 04.04.2023 | Wykład 6 | Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) |
| 07 | 18.04.2023 | Wykład 7 | Matryce podstawień |
| 08 | 25.04.2023 | Wykład 8 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) |
| 09 | 09.05.2023 | Wykład 9 | Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) |
| 10 | 16.05.2023 | Wykład 10 | Analiza danych NGS |
| 11 | 23.05.2023 | Wykład 11 | Adnotacja genomowa |
| 12 | 30.05.2023 | Wykład 12 | Przeglądarki genomowe |
| 13 | 06.06.2023 | Wykład 13 | Analiza filogenetyczna |
| 14 | 13.06.2023 | Wykład 14 | Porównywanie sekwencji 'alignment-free' |
| 15 | 20.06.2023 | Wykład 15 | Analiza strukturalna RNA |
Labs poniedziałek, godz. 10:15-15:00, sala S2
Zadania udostępnione są w serwisie GitHub.
| # | Date | Lab | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 27.02.2023 | Ćwiczenia 1 | Linux - podstawowe polecenia |
| 02 | 06.03.2023 | Ćwiczenia 2 | Wyszukiwanie rekordów: NCBI i ENA |
| 03 | 13.03.2023 | Ćwiczenia 3 | Wyszukiwanie rekodów: PubMed i E-utilities |
| 04 | 20.03.2023 | Ćwiczenia 4 | Formaty rekordów sekwencji |
| 05 | 27.03.2023 | Ćwiczenia 5 | UniProt i bioontologie |
| 06 | 03.04.2023 | Ćwiczenia 6 | Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) |
| 07 | 17.04.2023 | Ćwiczenia 7 | Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) |
| 08 | 24.04.2023 | Ćwiczenia 8 | Matryce podstawień |
| 09 | 08.05.2023 | Ćwiczenia 9 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) |
| 10 | 15.05.2023 | Ćwiczenia 10 | Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) |
| 11 | 22.05.2023 | Ćwiczenia 11 | Adnotacja genomu i analiza funkcjonalna |
| 12 | 29.05.2023 | Ćwiczenia 12 | Przeglądarki genomowe |
| 13 | 05.06.2023 | Ćwiczenia 13 | Analiza filogenetyczna |
| 14 | 12.06.2023 | Ćwiczenia 14 | Zajęcia projektowe |
| 15 | 19.06.2023 | Ćwiczenia 15 | Zaliczenie ćwiczeń |