Course
Bioinformatyka (1 rok Bioinformatyki)Teaching method
- Lectures (30 h)
- Labs (45 h)
Teacher
- prof. dr hab. Wojciech Karlowski
- wmk@amu.edu.pl
- dr Andrzej Zielezinski
- andrzejz@amu.edu.pl
- dr Piotr Kopeć
- piotr.kopec@amu.edu.pl
Lectures wtorek, godz: 9:45-11:15, Aula
| # | Date | Lecture | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 27.02.2024 | Wykład 1 | Wprowadzenie; bazy danych NCBI i ENA |
| 02 | 05.03.2024 | Wykład 2 | UniProt, PubMed i E-utilities |
| 03 | 12.03.2024 | Wykład 3 | Formaty rekordów sekwencji |
| 04 | 19.03.2024 | Wykład 4 | Bioontologie |
| 05 | 26.03.2024 | Wykład 5 | Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) |
| 06 | 02.04.2024 | Wykład 6 | Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) |
| 07 | 09.04.2024 | Wykład 7 | Matryce podstawień |
| 08 | 16.04.2024 | Wykład 8 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) |
| 09 | 23.04.2024 | Wykład 9 | Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) |
| 10 | 30.04.2024 | Wykład 10 | Analiza danych NGS |
| 11 | 07.05.2024 | Wykład 11 | Adnotacja genomowa |
| 12 | 14.05.2024 | Wykład 12 | Przeglądarki genomowe |
| 13 | 21.05.2024 | Wykład 13 | Analiza filogenetyczna |
| 14 | 28.06.2024 | Wykład 14 | Porównywanie sekwencji 'alignment-free' |
| 15 | 04.06.2024 | Wykład 15 | Analiza strukturalna RNA |
Labs poniedziałek, godz. 10:15-15:00, sala S2
Zadania udostępnione są w serwisie GitHub.
| # | Date | Lab | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 04.03.2024 | Ćwiczenia 1 | Linux - podstawowe polecenia |
| 02 | 11.04.2024 | Ćwiczenia 2 | Wyszukiwanie rekordów: NCBI i ENA |
| 03 | 18.04.2024 | Ćwiczenia 3 | Wyszukiwanie rekodów: PubMed i E-utilities |
| 04 | 25.03.2024 | Ćwiczenia 4 | Formaty rekordów sekwencji |
| 05 | 08.04.2024 | Ćwiczenia 5 | UniProt i bioontologie |
| 06 | 15.04.2024 | Ćwiczenia 6 | Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) |
| 07 | 22.04.2024 | Ćwiczenia 7 | Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) |
| 08 | 29.04.2024 | Ćwiczenia 8 | Matryce podstawień |
| 09 | 06.05.2024 | Ćwiczenia 9 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) |
| 10 | 13.05.2024 | Ćwiczenia 10 | Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) |
| 11 | 20.05.2024 | Ćwiczenia 11 | Adnotacja genomu i analiza funkcjonalna |
| 12 | 27.05.2024 | Ćwiczenia 12 | Przeglądarki genomowe |
| 13 | 03.06.2024 | Ćwiczenia 13 | Analiza filogenetyczna |
| 14 | 10.06.2024 | Ćwiczenia 14 | Zajęcia projektowe |
| 15 | 17.06.2024 | Ćwiczenia 15 | Zaliczenie ćwiczeń |