Course

Bioinformatyka (1 rok Bioinformatyki)

Teaching method

  • Lectures (30 h)
  • Labs (45 h)

Teacher

prof. dr hab. Wojciech Karlowski
wmk@amu.edu.pl
dr Andrzej Zielezinski
andrzejz@amu.edu.pl

Lectures wtorek, godz: 9:45-11:15, Aula

# Date Lecture Topic
01 28.02.2023 Wykład 1 Wprowadzenie; bazy danych NCBI i ENA
02 07.03.2023 Wykład 2 UniProt, PubMed i E-utilities
03 14.03.2023 Wykład 3 Formaty rekordów sekwencji
04 21.03.2023 Wykład 4 Bioontologie
05 28.03.2023 Wykład 5 Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot)
06 04.04.2023 Wykład 6 Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne)
07 18.04.2023 Wykład 7 Matryce podstawień
08 25.04.2023 Wykład 8 Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST)
09 09.05.2023 Wykład 9 Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA)
10 16.05.2023 Wykład 10 Analiza danych NGS
11 23.05.2023 Wykład 11 Adnotacja genomowa
12 30.05.2023 Wykład 12 Przeglądarki genomowe
13 06.06.2023 Wykład 13 Analiza filogenetyczna
14 13.06.2023 Wykład 14 Porównywanie sekwencji 'alignment-free'
15 20.06.2023 Wykład 15 Analiza strukturalna RNA

Labs poniedziałek, godz. 10:15-15:00, sala S2

# Date Lab Topic
01 27.02.2023 Ćwiczenia 1 Linux - podstawowe polecenia
02 06.03.2023 Ćwiczenia 2 Wyszukiwanie rekordów: NCBI i ENA
03 13.03.2023 Ćwiczenia 3 Wyszukiwanie rekodów: PubMed i E-utilities
04 20.03.2023 Ćwiczenia 4 Formaty rekordów sekwencji
05 27.03.2023 Ćwiczenia 5 UniProt i bioontologie
06 03.04.2023 Ćwiczenia 6 Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot)
07 17.04.2023 Ćwiczenia 7 Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne)
08 24.04.2023 Ćwiczenia 8 Matryce podstawień
09 08.05.2023 Ćwiczenia 9 Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST)
10 15.05.2023 Ćwiczenia 10 Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA)
11 22.05.2023 Ćwiczenia 11 Adnotacja genomu i analiza funkcjonalna
12 29.05.2023 Ćwiczenia 12 Przeglądarki genomowe
13 05.06.2023 Ćwiczenia 13 Analiza filogenetyczna
14 12.06.2023 Ćwiczenia 14 Zajęcia projektowe
15 19.06.2023 Ćwiczenia 15 Zaliczenie ćwiczeń